美國Trikinetics果蠅運動監視器DAM2的數據分析

簡介：

美國Trikinetics 是一家專注于生物行為監測設備的公司，其DAM（Drosophila Activity Monitor）監視器主要用于果蠅（Drosophila）活動監測，廣泛應用于睡眠、晝夜節律及行為研究。

Trikinetics的DAM監視器憑借其高精度、模塊化設計和易用性，成為果蠅行為研究的理想工具。

DAM的原始數據：

由于監控文件（Monitor***.txt ）是簡單的制表符分隔（tab-delimited）文本文件，因此也可以輸入到任何電子表格或數學應用程序，直接繪制圖表（plotting）或進行分析（analysis）。

Monitor***.txt文本文件每行（row）有42列（column）,如上圖所示。綠色框代表有效數據，

紅色框代表monitor的編號，黃色框是數據類型（Ct, count，計數，果蠅阻斷紅外光束），褐色代表有光照（1代表白天，0代表黑夜），藍色代表阻斷紅外線的次數。

睡眠分析：

果蠅的睡眠定義為持續 5 分鐘或更長時間的不間斷行為不活躍（活動計數為 0）。因此，任何大于或等于五個連續零的時段（bin的長度1min）都被視為睡眠事件（sleep bout）。

果蠅的睡眠指標如上圖。

數據分析流程

DAM2的原始數據通過Trikinetics的DAMSystem3數據采集軟件獲得。原始數據可以通過各種軟件進行作圖和分析。Trikinetics的上提供了多種收費和免費的軟件，各有優劣。包括：ShinyR-dam，PySolo，SCAMP，Rythmically，Counting macro，Rethomics，VANESSA，SleepMat，Phase... 溪拓科技提供部分軟件的分析服務。